A história ocorre logo após Return to Castle Wolfenstein. Em 1943, as forças Aliadas conseguiram deter a expansão do Terceiro Reich de Hitler. Mas o Führer não irá se contentar com nada menos do que o controle sobre todo o mundo. Para isso, o chefe da SS, Heinrich Himmler, têm um plano para dominar e controlar uma força conhecida como Black Sun. Com esse poder oculto à sua disposição, os nazistas ganhariam uma vantagem clara na guerra. A única esperança dos Aliados reside nas habilidades e na coragem do agente especial BJ Blazkowicz.