Nesta última versão de Silent Hill, você é Alex Shepherd que retorna a Shepherd´s Glen, sua cidade natal para investigar o repentino desaparecimento de seu irmão. De Shepherd´s Glen para a enevoada Silent Hill, Alex tem que encarar os mais sombrios horrores para poder encontrar seu irmão.

Alex deve desvendar o mistério sobre seus pesadelos e descobrir a verdade por trás do desaparecimento de seu irmão e seu pai, além de enfrentar o mal que toma conta de seu próprio corpo e alma.