Minecraft: Story Mode traz uma aventura como nunca antes. Você estará na pele de Jesse e, junto de seus amigos, deverão embarcar em uma missão perigosa para salvar o mundo. Enquanto visita EnderCon, seu grupo esbarra em algo assustador. É quando o terror é libertado e ameaça destruir tudo e todos! Cabe a você encontrar a "Ordem da Pedra", um grupo de aventureiros que derrotaram o lendário Ender Dragon. Mas ninguém sabe como encontrá-los. É uma corrida contra o tempo: viaje pelo mundo, através do Nether, O Fim e além!