Dois anos após a Grande Guerra dos Ninjas, Shikamaru passa dias ocupados como um membro importante da Vila Oculta da Folha. Certo dia, chega a informação de que ninjas estão desaparecendo em massa em diversas regiões. Sai também some. O paradeiro dos ninjas desaparecidos é o misterioso império do País do Silêncio...

Para proteger suas responsabilidades como ninja e como adulto, Shikamaru terá que lutar contra a escuridão da nova era.