A história se passa em uma cidade japonesa comum, Fuyuki City. Escondido da sociedade, tem havido uma guerra mortal acontecendo nesta cidade. Sete magos conhecidos como “Mestres” convocam poderosos familiares chamados de “Servos” e todos eles lutam entre si. É dito que o vencedor pode alcançar o Santo Graal, que lhe concederá um desejo. Apenas alguns sabem quando esta guerra começou e o que o Santo Graal realmente é, mas a guerra estava prestes a começar novamente este ano.O personagem principal é Emiya Shirou, que perdeu seus pais em um incêndio e foi adotado por um homem que se denominava mago. Admirando seu pai adotivo, ele vem treinando para ser um mago. No entanto, ele não tinha talento e mal podia usar um tipo de feitiçaria. Seu pai adotivo faleceu, e hoje ele é um mago sem qualquer habilidade ou conhecimento.