No jogo, os jogadores batalharão para passar por levas de inimigos com honra e habilidade, como seus ninjas favoritos Lloyd, Nya, Jay, Kai, Cole, Zane e Mestre Wu, para defender a ilha Ninjago, onde moram, do maligno Lorde Garmadon e seu Exército de Tubarões.
Para isso, eles devem dominar a Ninjabilidade que permite a eles atravessarem Ninjago correndo sobre muros, dando altos saltos e combatendo os inimigos de Ninjago para subir de nível e melhorar as habilidades de combate de ninja. Os jogadores podem usar o poder do combate Spinjitzu para defender Ninjago juntos.