Birth by Sleep decorre dez anos antes do primeiro jogo da série, focando nos guerreiros com o poder de utilizar Keyblades. A história gira em torno de três aprendizes da arte da Keyblade em busca de Xehanort, um mestre da Keyblade, e seu o aprendiz, após o desaparecimento dos dois. O jogo é ambientado em diversos mundos da Disney, tanto antigos como novos, e também mostra as diferenças de tempo entre os jogos da série.