F.e.a.r. 3 é um jogo de tiro e terror psicológico em primeira pessoa. No jogo, os jogadores controlam point man ou paxton fettel, o protagonista e o antagonista, respectivamente do primeiro jogo f.e.a.r.. O sistema de controle para o point man é o mesmo que foi para os dois jogos anteriores, dando ao jogador uma lista de comando típicos dos jogos de tiro em primeira pessoa, bem como a capacidade para retardar o tempo. Como fettel, o jogador auxilia o point man, usando a telecinese, tonteio, ataque corpo a corpo, que é exclusivo para fettel e outras habilidades. Além dessas habilidades, o jogador também tem acesso pleno às habilidades que fettel possui. Por último, ambos os personagens têm a capacidade de acessar e controlar a tecnologia inimiga.