Cosmos, a deusa da harmonia, Chaos o deus da discórdia, reinantes de mundos distantes ambos lideram guerreiros em uma batalha selvagem. Cosmos e Chaos tinham forças equivalentes e acreditavam que a guerra duraria para sempre, entretanto, o equilíbrio foi quebrado. Aqueles que seguiram Chaos se tornaram uma força inesgotável e com ataques cruéis derrubaram um a um aqueles que lutavam por Cosmos.

Apresentando ação muito semelhante a outros jogos da série Final Fantasy, o Dissidia Final Fantasy consiste em um combate um contra um, onde o objetivo é acabar com todos males de Chaos e seus seguidores. Como na maioria dos rpgs, o jogo utiliza um sistema de níveis de experiência para o progresso dos personagens, em que pontos de experiência são acumulados ao derrotar inimigos, além de batalhas em turnos.