Crysis 3 se passa durante o ano de 2047, onde o Prophet está em uma riscada missão de vingança, buscando nada mais que a verdade por detrás dos motivos da Cell Corporation's ter construído os Nanodomes, agora em quarentena. Para a população é dito que as gigantescas construções da cidade foram reerguidas para protegê-los e para limpar as metrópoles do que resta das forças Ceph. Porém, na realidade, todos os Nanodomes são uma tentativa da Cell para dominação global a começar por acumular terras e tecnologia. Ninguém está a salvo, Aliens Cephs espreitam a cada esquina e humanos lutam por suas vidas. Para o Prophet, todo mundo é seu alvo em sua jornada para a vingança.