O protagonista de Bully é Jimmy Hopkins, um garoto de 15 anos cuja mãe acaba de se casar com um ricasso e o deixa em um colégio chamado Bullworth Academy enquanto passa sua lua de mel em um cruzeiro. Revoltado, Jimmy deve aprender a conviver entre as panelinhas e os valentões sem se meter em encrenca.

O formato do game lembra a série Grand Theft Auto; você aciona as missões principais de acordo com a sua vontade, realizando objetivos secundários entre uma e outra — sem esquecer de assistir às aulas na hora certa, afinal, você está em um colégio. A versão Scholarship Edition ainda oferece conteúdos extras aos jogadores, não existentes na versão da geração passada.