Bionic Commando é um jogo de ação 3D em terceira pessoa. O jogador faz o papel de Nathan Spencer, um soldado que possui um braço biônico e foi injustamente preso. Antes de sua execução, sua cidade sofre um atentado terrorista. O objetivo do jogador é controlar Nathan, derrotar os terroristas e salvar a cidade. Para isso, é possível usar o gancho em seu braço biônico. Ele pode ser usado tanto para ganhar acesso a novas áreas e se movimentar pelos prédios quanto como uma arma contra os inimigos. O ambiente é aberto, sendo possível explorar toda a cidade em ruínas, e os inimigos são soldados, robôs e aviões.