Em Ben 10 Omniverse, quando uma nova modificação no Omnitrix dá errado, uma catástrofe temporal ocorre, e com isso o novo colega de Ben, Rook, é mandado de volta no tempo, encontrando Ben quando ele tinha 10 anos. Rook e Ben jovem entram em uma briga com o Malware que absorve a Proto-Arma de Rook para conseguir novos poderes, levando a um futuro alternativo.

Jogue com ambos Ben adolescente e Ben jovem e trabalhe com seu novo parceiro Rook para resolver o crime, corrigir o passado e o presente, e principalmente focando em preservar o futuro da raça humana, além de derrotar as intenções maléficas de Malware em destruir o mundo. Se torne qualquer um dos heróis e participe de várias batalhas insanas contra monstros poderosos.