Ben, munido de seu Omnitrix, fará uma viagem intergaláctica numa nave espacial explodindo asteroides e inimigos. O maior inimigo de Ben, Vilgax, está montando um exército composto de seus maiores adversários. Ele desenvolveu um esquema para dominar o universo, conquistando planetas nunca antes vistos no espaço e culminando com a destruição da Terra, lar de Ben. Os jogadores devem usar as dez formas alienígenas do herói para lutar contra esta terrível ameaça.