Oito anos após os eventos de Banjo-Tooie, e devido à falta de aventuras ao longo dos últimos anos do Banjo e Kazooie, a dupla ganharam muitas libras, e estão acima do peso e muito insalubres. Quando Banjo e Kazooie se reunir com a cabeça decapitada de Gruntilda, o urso e a bruxa competem para determinar quem é o verdadeiro dono da Spiral Mountain. Banjo deseja preservar sua casa enquanto Gruntilda choca um esquema de desenvolvimento urbano para substituir a área vegetada com torres e centros comerciais.