Situado no ano de 2012, Assassin's Creed coloca o jogador na pele de Desmond Miles – um rapaz aparentemente simples que é sequestrado e levado a um laboratório, onde é forçado a fazer experiências referentes à memórias genéticas. Com isso Desmond consegue reviver as memórias de seu antepassado Altaïr que viveu em 1191 e servia ao Clã dos Assassinos na busca pelo Peace of Eden, um poderoso artefato que podia criar ilusões. No decorrer do jogo Desmond deverá seguir as memórias de Altaïr e tentar descobrir onde o artefato está.