Os referidos ''mercenários'' tem uma missão a cumprir, e que de maneira cooperativa tentarão sobreviver ao caos e com isso libertar a cidade sitiada. Army of Two The 40 day mantém as mecânicas de um jogo cooperativo e basicamente não mudou muito a não ser que ficou bem mais fácil de manejar os personagens que no primeiro jogo.

O modo cooperativof foi um fator fundamental do jogo e que fez com que o game original Army Of two ficasse tão popular, e ficou ainda melhor. A experiência e a sensação de estar colaborando ou recebendo a colaboração do parceiro ficou mais visível ficou mais fluido. Dito isso, o jogo traz boas novidades como a possibilidade de pegar reféns e fingir rendição, isso sem falar na maior variedade de armas e a possibilidade de customizá-las.